En 1800 la corporación solicita a su Majestad el Rey Carlos IV poder llevar durante la estación de penitencia el traje de nazareno de color morado con el rostro cubierto, derecho que adquiere la Hermandad por Real Orden de 13 de abril de 1805.
La Santa Mujer Verónica es tallada por Juan Bautista Patrone y Quartín en los años 1800 y 1801.
En 1803 la Hermandad queda agregada por quince años a la Basílica de San Juan de Letrán en Roma, gracia que en 1817 se hizo perpetua.
En el año 1805 el paso de la Virgen del Valle saca el palio del siglo XVII adquirido a la extinguida Hermandad de la Antigua y Siete Dolores. Asimismo el paso de la Calle de la Amargura presenta la novedad del grupo de mujeres que esculpió Juan B. Petroni.
Desde 1807, en la estación de penitencia, la Virgen del Valle va acompañada en su paso de palio por San Juan Evangelista y María Magdalena.
El Rey Carlos IV concede a la Hermandad en 1808 el derecho de usar el título de Real. El propio Rey y su hijo Don Fernando ingresan como hermanos en la Cofradía.
Con motivo de la invasión del ejército francés de Napoleón Bonaparte y la llegada de las fuerzas a Sevilla en 1810, las hermandades pierden sus mejores riquezas y muchas desaparecen al cerrarse las iglesias en las que tenían su sede. Ese mismo año la Hermandad se traslada a la Iglesia de San Román, pasando al poco tiempo a la Iglesia de los Menores, donde labró un altar para sus Sagrados Titulares.
La visita de José Bonaparte a Sevilla para presenciar las procesiones de Semana Santa hace que la mayoría de las hermandades se pongan de acuerdo en no hacer la estación de penitencia, circunstancia que se repite en los años 1811 y 1812.
En 1816 la Hermandad vuelve de nuevo al Convento del Valle.
Por su antigüedad, en 1817, el Papa Pío VII concede a la Hermandad el privilegio de usar el Título de Archicofradía, primero que se concede a una hermandad de Sevilla, y en 1825 el Papa León XII le otorga el Título de Pontificia.
Conflictos con las autoridades políticas del Gobierno Liberal, instaurado a partir del golpe de estado de 1820, provocan que las cofradías de Sevilla dejen de efectuar la estación de penitencia hasta la Semana Santa de 1825.
En la Semana Santa de 1828, la Virgen del Valle hace la estación de penitencia sola en su paso de palio, sin el acompañamiento de San Juan y la Magdalena.
En el año 1829 la Hermandad se traslada a la Parroquia de San Andrés, instalándose en la Capilla de la Purísima Concepción para el culto a los Sagrados Titulares.
En 1831 se prohíbe el uso del antifaz en los cortejos procesionales de la Semana Santa, lo que provocó que las Hermandades de Sevilla no realizaran la estación de penitencia.
El viernes 23 de marzo de 1855, la Hermandad celebra solemnemente la declaración del Dogma de la Inmaculada Concepción de María Santísima.
Los cambios políticos de 1868 y la resolución de la Junta Revolucionaria de suprimir varias parroquias de Sevilla, entre ellas la de San Andrés, hace que la Hermandad traslade sus Sagradas Imágenes a la Iglesia de San Román. Pasada esta situación, la Hermandad vuelve en 1870 a la Parroquia de San Andrés. En estos años desaparecen numeras hermandades y enseres procesionales.
En 1877 el Rey Alfonso XII y su familia presencian, desde un palco instalado en la Plaza de San Francisco, el paso de las cofradías del Jueves Santo. Diez años más tarde su madre, la Reina Isabel II, asiste desde el mismo lugar a los cortejos procesionales de Semana Santa de Sevilla.
El terremoto de 1888 provoca el hundimiento del cimborrio de la Santa Catedral de Sevilla, por lo que las hermandades hicieron penitencia ante un Altar instalado en la puerta principal de la catedral.
En 1890 se estrenan las nuevas andas del paso de la Calle de la Amargura, de estilo barroco.
En 1892 la Hermandad se traslada de la Parroquia de San Andrés a la Iglesia del Santo Ángel de los Padres Carmelitas.
Vicente Gómez Zarzuela compone en 1897 la marcha procesional “Virgen del Valle”, en memoria del cofrade y amigo Alberto Barrau Grande. El Jueves Santo de 1898, el paso de la Virgen lleva por primera vez una banda de música, que estrena la marcha procesional de Gómez Zarzuela.
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